１３３ 裸の人
アビドースで発見した石版を解読し、そこに記されていた『エンシェントの滅びた都市』ビス・ウバーンに向かうＳＧ−１。そこにはゲイトを使って旅をする人々が先に到着しており、そこに光の存在になったはずのダニエル･ジャクソンがいた。掟を破った罰として下界に下ろされ、記憶を奪われたのだ。
だが彼はSG-1の説得もあり、かつての自分を知りたいと地球に帰ることに同意する。ダニエルの助けによりビス・ウバーンは『滅びた都市』ではなくそのカムフラージュだと分かる。
その頃アヌビスはラーの眼の力で他の支配階級を倒していた。ＳＧＣとトクラはアヌビスの新型戦艦を破壊するため、彼に強硬な抵抗を続けている禹皇帝と共同作戦をはる。ジョナスとダニエルが戦艦に侵入してシールドを解除し、オニールとカーターがF-302でパワーコアに通じる冷却用換気シャフトを破壊するというものだ。
ビス・ウバーンにはハモンド将軍も指揮官として出向き、ほぼ計画通りにだが、肝心の戦艦を破壊する役割の禹が現れない。ボケの始まっている彼はティルクを捕らえ、銀河の反対側のチョダワに向かっていたのだ。
アヌビスの母艦でジョナスは脱出に失敗し、アヌビスに尋問を受けようとしていた……
１３４ 狙われた故郷
ジョナスから情報を引き出したアヌビスはナクアドリアを手に入れようとジョナスの故郷であるケロナに向かう。ＳＧ基地にケロナから救難要請が届き、オニールとカーターが向かう。そこでなんとケロナがティラニアとアンダリに対してナクアドリア爆弾を使用し、戦争状態に入っているとわかる。
支配階級でも最長老の禹が宿主を移れないほどの病気になっていることが明かされる。老衰で痴呆が始まっており妄想がひどくなっているのだが、親衛隊長はそれでも禹に忠誠を尽くすという。そこで親衛隊長とティルクは指揮能力のない禹のかわりにバールと手を組んで指揮してもらうことにした。
ケロナをほぼ支配下に置いたアヌビスはナクアドリアを解析、それを使った兵器をケロナに向けて試射しようとするが、ナクアドリアの不安定要素を図りかねジェネレータがオーバーロード。アヌビスの旗艦は損壊してしまった。そこでかつてこの星を支配していたゴアウルドのナクアドリア研究の資料が記録されたクリスタルを探させる。国防委員長の裏切りもありクリスタルが奪われそうになるが、そのときバールが指揮する禹の艦隊が到着。大気圏内でシールドの出力が落ちたアヌビスの旗艦を攻撃する。ラーの眼を使った破壊兵器を搭載した旗艦は破壊されたが、肝心のアヌビスは脱出してしまう。
ジョナスは怪我をしたもののなんとか死なずにすみ、英雄としてケロナに帰ることになった。なんとケロナ、ティラニア、アンダリの共同統治議会のケロナ代表に就くのだ。
１３５ 不安定なＤＮＡ
オニール大佐のＩＤカードでＳＧ基地に侵入しようとした少年が捕らえられた。彼が言うには自分がジャック・オニール大佐で、チーズブリトー四つとビールを飲んで寝て起きたら若返っていたという。カーター少佐とフレイザー軍医が調査すると遺伝子に若干の異状は見られるもののジャック本人だった。この事件を調査しているとどうやらこれはアスガードの仕業のようだった。
トクラのセルマクを招いて遺伝子を分析した情報を見てもらうと、ジャックは若返ったのではなくクローンだと分かった。しかも細胞が刻々と死に向かっている。
犯人のアスガードは脱走した複製オニールとオリジナルのオニールを交換に来るはず。そこで犯人を捕まえる作戦を立てた。計画通りにアスガードの宇宙船に乗り込むと、そこにはアスガードの遺伝学者で元最高評議会議員のロキ（北欧の災いの神）がいた。アスガードのクローン技術の欠陥を修復するためにオニールを調査し、その期間露見しないようにクローンを送り込んだのだ。ロキは禁じられた人体実験をした罪で逮捕され、追放されたのだった。
トールを呼んだところ、確かにオニールは他の人類よりも生物学的に一歩先を行っている（エンシェントのライブラリを全て記憶できるなど）が、アスガードのミッシングリンクにはなりえないという。さらにオニールの遺伝子には遺伝子操作を防ぐセーフガード･マーカーが含まれており、それが複製オニールの正常な成長を阻害したのだ。ロキ自身も遺伝学者として一流ではなく、その不器用さもクローンの細胞崩壊に繋がっているのだ。
トールによって複製オニールは遺伝子を修復され、ハイスクールに通うことになった。
１３６ 戦士の魂
バール軍との闘いの折、ティルクが撃たれた。エネルギーガンによって空の幼生嚢を突き抜けて脊髄を傷つけられ、しばらくのリハビリを必要とすることになった。幸か不幸かトレトニンを摂取しているため幼生はブレイタクに譲り、ティルクの腹には何も入っていなかったので死ぬことはなかった。
リハビリ中からティルクの様子がおかしくなり、ジャックとダニエルが尋ねてみたところティルクはケクに耐えられなくなったという。ケクとは弱さであり、弱くなれば死ぬという意味だ。ティルクは幼生を抱えずにトレトニンに頼っていたが、それによってジャファとしての強さが失われてきているのだ。
ダニエルは不思議な幻覚を見る。ライアクとブレイタクが他のジャファたちと一緒に強制労働させられている夢だ。それはダニエルが高みの存在だった頃の記憶だとわかり、強制労働させられているのはナクアダ精錬所と母艦建造所があるエレバス（ギリシャ神話で罪を犯した人間が最初に行く場所）という惑星だと突き止めた。そのころブレイタクはトレトニンがなくなり、死を目前にするまでに弱っていた。
SGチームとラクノルが彼らを救出に行くが、ティルクとラクノルは逆に捕まってしまう。拷問されて立てないほどに弱ったティルクはトレトニンの摂取が間に合ったブレイタクと対話し、『ジャファの強さは肉体ではなく心、精神の強さだ』と諭される。
とっさに考えたプランＢでダニエルとカーターが建造中の母艦を墜落させる。それをきっかけにＳＧチームが榴弾砲とスナイパーライフルで援護射撃をし、ジャファの捕虜たちが反撃を開始する。そして瀕死だったティルクは強さを取り戻し、敵のジャファを倒す。
１３７ ドームの町
惑星Ｐ３Ｘ-２８９の予備探査のため送り込んだ無人偵察機から生物が生存するには不適当な大気組成のデータが送られてきた。ゲイトが設置されているのだから基本的には人間が生存できる環境であるはずなのに。さらに前進させてみるとドーム状のバリアがあり、その中にはごくありふれた、人間の生存に適した環境があった
偵察に向かったＳＧ-１はドームの中で住民に出会う。彼らとの会話によりかつてこの星は女神モリガンを信仰していたこと、データバンクと脳を接続するリンクを有していること、工業汚染により環境が破壊されたためにドームが作られ、住民はシンプルライフを選択したこと、ドームの住民以外は病気や飢えで死んだことを知る。
だがその夜、住人の一人が妙な雰囲気で起き出してドームのバリアの外に出て行った。ドームの外は有害ガスで満ちており、生き延びることなど適わないというのに。
翌日、ＳＧ-１は町の住民がたびたびおかしな様子になることを知る。会話の途中で突然黙りこくったり、昨日いた人物を以前からいなかったと言い張ったりするのだ。その頃ダニエルと一緒にいたエバラが不意に夢遊病者のようになってどこかへ消えてしまう。
カーターはパーランとともにドームの中央コンピュータの解析をしていたが、そこでドームのコンピュータと接続した地球のコンピュータとの間にデータの食い違いがあることに気付く。中央コンピュータの数値には何も異状はないが、地球のコンピュータの数値ではドームの出力がどんどん低下しているのだ。
さらに住民の様子がおかしくなっていく。話がかみ合わなくなっている。カーターはコンピュータが住民の思考を操っていると気付く。ダニエルは法律家の契約書類を発見し、元は１０万の人間がドームに住んでいたことを突き止めた。
真相はこうだ。コンピュータは出力が低下しているのを理解していて、なおかつコミュニティの維持のためにドームを縮小し、余剰人員をドーム外に排除していたのだ。
そうしているうちに再び更新が起こる。コンピュータがリンクに接続されている住民を操り、オニールとティルクにリンクをつけるよう要求しているという。ギリギリのところでカーターとダニエルがコンピュータ技師パーランの協力を取り付け、プログラムからＳＧ-１の記憶を削除することに成功。住民はその後、ゲイトを通じて他の惑星に移住する事になる。
１３８ 難破船ストロモス
ＳＧ-１がＰ２Ａ-３４７に難破した宇宙船のなかで冬眠装置を発見し、それを調査中に光に襲われて意識を失ってしまう。ティルクがいち早く目覚め、オニール、カーター、が気絶していることを確認、ダニエルは目覚めたもののまるで別人になってしまったようだった。
ＳＧ基地でダニエルを検査してみると複数の人格がダニエルの脳にはいっているのだと分かる。その中の一人、タルサスの領主のマルティースが言うには船の名はストロモス、行き先はアーディナだという。
同じくダニエルの肉体に宿った二等機関士トライアンが言うには、冬眠装置は目覚める過程において記憶や知性の欠落を防ぐため肉体と別にマトリックスメモリモジュールにそれぞれの精神を保存しており、それが本来のペアから分かれることはないという。ただし肉体が死んでいる場合は別だが。同じくダニエルの肉体に宿る少年キーニーによると、タルサスの太陽のそばを暗黒星が通ったためにフレアが生まれ、タルサスが飲み込まれると分かった。そのためストロモスを３隻建造し、アーディナに移住する最中だったのだ。もちろん乗員数が1000人ほどのストロモスたった３隻では住民がそろって乗り込むことなどできなかったとも。
マッケンジー軍医の見立てではダニエルの肉体に12人の意識が共生しているとのこと。カーターはＳＧ-12とともにＰ２Ａ-３４７に戻り調査をすることにする。
Ｐ２Ａ-３４７に戻ったＳＧ-１２とカーター、ティルクは唯一目覚めていた航海長ファーリンに出会う。ファーリンが眠るエリアで原因不明の電力低下が発生し、彼だけが目覚めた。彼は電力供給を再開しようと試みたが、それは叶わず他の12人の肉体が次々と死んでいった。彼らを救うためファーリンは1つの肉体に13人を宿している。それと同じように、分離した人格を電力不足から来る消滅から救うためダニエルの肉体に肉体が死んだ者の意識を送り込んだのだという。そしてダニエルの肉体に宿ったキーニーはファーリンの息子だと明かす。
カーターとティルクはファーリンを説得し、ダニエルを元に戻すことと引き換えにナクアダジェネレータを提供し、ゲイトを通じての移住に手を貸すと約束する。
ファーリンはダニエルの肉体に宿った人々を説得し、彼らを全て自分の肉体に宿す。そして乗員たちが再生され、移住が開始される―――
１３９ 聖なる鉱山
ナクアダを採掘するため、Ｐ３Ｘ-４０３で鉱脈を探していたＳＧ-１１。Ｘ-３０３の運用にはナクアダが欠かせないのだが、これまでのサンプルは含有率が一千万分の２３という、ごくわずかなものだった。これは孫の代まで掘り続けてやっと一隻ぶんのナクアダが得られるかどうかという量だ。ところがメナードが最新のサンプルの分析結果では含有率がこれまでの50倍以上、深く掘ればそれだけ含有率が上がると報告した。有力なナクアダ鉱脈だ。
ところが測量とマッピングに従事していたリッター中尉が姿を消してしまい、彼の捜索のためスターゲイトの自己診断システムの再構築をしているカーター少佐を除くＳＧ-１が派遣される。ダニエルは発掘品を見つけ、その中にゴアウルドの拷問棒やウナス用のヨークを発見する。はるかな昔、ゴアウルドがウナスを奴隷にナクアダを採掘していたのだ。
ティルクらは捜索中に極めて古いジャファの死体とリッター中尉の晒された死体を発見した。その様子から判断するに、縄張り意識の強いウナスが縄張りを荒らすなと警告しているようだった。
ダニエルらＳＧ-１はウナスとの対話を主張するが、鉱山調査の現場指揮官のエドワーズ大佐はウナスを殲滅すると主張する。その時、銃声が鳴り響きウナスの集団とＳＧチームとの戦闘が開始されてしまう。「カケカー！」ダニエルがウナスの言葉で戦闘中止を訴え、ウナスはそれを受けいれて引き上げていった。その戦闘でオニール大佐は負傷し、戦線を離脱してしまう。
ＳＧ基地にペンタゴンからＸ‐３０３建造計画責任者のヴィドリーン大将が来て、エドワーズ大佐は採掘任務を再開しＳＧチームはその安全確保に全力を挙げろと命令を下す。それに伴いウナスを絶滅しろと主張するエドワーズ大佐とヴィドリーン大将に、ダニエルがシャカを仲介役に立てて交渉をしようと主張し、サンプルの精密な検査が終わるまでにケリをつけることを条件に交渉を許可される。シャカの星では彼を中心として人間と奴隷にされていたウナスとの間に休戦を実現したのだ。彼は「人間、シャカ、助ける」と約束してくれた。
シャカとダニエルが二人だけで交渉に臨む。そこでナクアダ鉱山がウナスの祖先が強制労働させられ、多くの命を落とした聖地だと知る。だがそこのナクアダ埋蔵量が推定53000トンという莫大な量で、軍もそのナクアダを捨てることはできない。更なる交渉でうまい食料と引き換えにカーダ（ナクアダ）を貰いたいと切り出す。そうしてくれないとウナスを強制移動させなければならないことを訴えるが、それには応じずウナス側は相当な人数の部族を挙げて戦うと主張する。
そのとき、銃声が響き一人のウナスが射殺されてしまう。兵士から見れば正当防衛だが、ウナスは彼らにとって重要な意味を持つネックレスを取りに戻っただけだった。それを合図にとんでもない人数のウナスが現れ、ＳＧチームを包囲する。ダニエルはあくまで強硬な姿勢を崩さないエドワーズ大佐を説き伏せ、全員を跪かせて敵意のないことを明らかにし、そこで改めて話し合いをする。
話し合いの結果、人間はこれ以上ウナスの聖地を荒らさない。その代わりウナスはオナク（ゴアウルド）との闘いに手を貸すと約束してくれた。自分たちの手でナクアダを掘ることで。
１４０ 白熱！宇宙レース
ＳＧ基地にセブラス号の船長、ウォーリック・フィンが訪ねてきた。コンガラット・ループというレースに出場するので、カーターがスタッフとしてイオンドライブに接するのと引き換えにナクアダジェネレータを使って出場したいということだった。カーターはそれを喜んで了承し、ＳＧ-１は外交使節としてヘブリダンに渡る。
カーターは操艦マニュアルを読み、必要なパーツを揃えて準備は万全。だがティルクとウォーリックの弟のイーモンが席をはずしたとき、セブラス号に近づく不審な人物がいた……
コンガラット･ループが開始され、第一ステージで早くもリタイアが出る。第二ステージ、太陽のフレアに突っこんだところでセブラス号にトラブルが起こる。何者かの妨害工作だった。かなり危険な方法だったが、ナクアダジェネレータをバイパスして機能を回復する。
イーモンは彼のコンピュータに上司のデル・タイナンが侵入した痕跡を見つけ、調査のためティルクとともにテクコンへ向かう。デル･タイナンのオフィスで彼がテクコンの開発部からブースタの提供を受けたミューリオスの宇宙船を除き妨害工作をしたことを発見する。出来レースを仕組んでいたのだ。だがそこでデル･タイナンが現れ、二人を捕縛してしまう。
ゴロン・ジャーラスの宇宙船から生命維持システムに異常が発生したと救難信号が発信された。セブラス号は彼を救出し、レースに復帰する。
デル･タイナンが出来レースの真意を明かす。セラキンは人間の力をそいで支配しようとしている、コンガラット･ループの勝者は純潔の人間でなければいけないと言う。イーモンが言うに、彼は三回も昇進を見合わせられているのでこのような妄想と強欲を抱いたのだろうとのことだった。怒涛の追い上げを見せるセブラス号だったが、デル･タイナンの脅迫によりレースに勝つチャンスを棄てざるを得なくなってしまった。
オニールとダニエルはティルクとイーモンがテクコンで行方不明になったことを不審に思い、テクコンのヘイガン会長に捜索を頼む。ヘイガンはタイナンを捕まえ、タイナンが昇進を見送られていたのは不正を調査中だったからだと明かす。
もはやレースに勝つことが出来なくなったセブラス号だが、どうしてもミューリオスを勝たせるわけにはいかない。そこでジャーラスは大容量の通信電波をミューリオスの船に浴びせ、操艦をフリーズさせる。そしてライル･モントローズが優勝した。
その後ウォーリックはライル･モントローズに副操縦士として雇われ、イオンドライブも手に入った。だがカーターは出来レースのせいで勝てなかったことを根に持ち、「来年は雪辱戦よ」とダニエルに漏らす。
１４１ 僕のアヴェンジャー
ＳＧ基地勤務の科学者フェルジャーに呼び出されたオニールとカーター。Ｘ-３０３のミサイルに替わる、ゴアウルドの兵器をベースに作った光子魚雷の試作品の披露だったが、見事に失敗。失敗続きのためフェルジャーは空軍との契約を打ち切られる瀬戸際まで追い詰められてしまう。そこで彼はスターゲイトネットワークに流して特定のゲイトのホームダイヤルを使用不能にするコンピュータウイルスを考案する。
フェルジャーはカーターとともにウイルスを完成させることになる。彼は共同研究に舞い上がり挙動不審になるが見事にウイルスは完成し、バール支配下のナクアダ鉱山がある惑星Ｐ５Ｓ-１１７にウイルスを送る。だがその結果オニールとティルクが出動しているＰ３Ｃ-２４９から帰りのワームホールが形成できなくなってしまった。カーターとフェルジャーはウイルスのせいではないと断言する。
トクラのテラスから送られたデータを分析したところ、ゲイトの自動関連アップデートに乗ってウイルス『アヴェンジャー』がネットワーク全体に送信されたのだと分かる。このままではゲイトネットワーク全体が使用不能になるのに２時間ほどしかかからない。対応策を思いつかないまま、全てのゲイトが使用不能になる。地球にはホームダイヤルがないため行きのワームホールは形成できるので通信を試みるが、Ｐ３Ｃ-２４９のオニールとティルクはジャファの寝返りにより攻撃に晒されている。更なるトクラの情報では、最大の艦隊を持つバールがこの機に乗じて勢力を拡大しつつあるということだった。
愚痴るフェルジャーにカーターも完璧ではないと自らのカタウにおける失敗談を語る。それを聞いてフェルジャーは唐突にＳＧ基地のアドレスをアップロードすることを思いつく。だがそれもなぜかうまくいかず、フェルジャーはプレッシャーに耐え切れずに逃げ出してしまう。彼は連れ戻しに来たカーターに愚痴を漏らすが、その途中でアヴェンジャーを無効化する方法を思いつく。本来の目的地であるＰ５Ｓ-１１７のホームダイヤル内サブルーチンにウイルスが存在しているのは確かなのでそれを無効化し、アップデートするという方法だ。
カーターとフェルジャーはＰ５Ｓ-１１７に向かう。ホームダイヤルを調べると、本来のアヴェンジャーではなく変更されていることが分かる。バールがアヴェンジャーをヒントにゲイトネットワークを使用不能にし、最大の艦隊を以って勢力を拡大するためだ。フェルジャーは急いでアンチウイルスを作成するが、そこにジャファの大群が押し寄せる。追い詰められそうになったとき、突然アルケシュが飛来しジャファたちを攻撃した。オニールとティルクがアルケシュを奪って駆けつけたのだ。
その後、ウイルスを無力化して帰ったフェルジャー。彼は研究室で助手のクロエと情事を始めようとしていた。だがそこにカーターとオニールが現れる。クロエとカーターはフェルジャーを取り合ってケンカを始めるが、実はというかやはりというか、それはフェルジャーの妄想だった。
１４２ 生きる権利
任務で惑星探査に訪れたＳＧ-１がモロクに仕えているというジャファのライケルを包囲した。彼はティルクを見ると「シャル・ケク・ネム・ロン（自由のためなら死ねる）」と言い、自由を求めていると明かす。だがいきなりエネルギーガンで撃たれて倒れてしまう。ジャファの集団が襲撃してきたのだ。しかし女ジャファの集団により救出され、彼女らに連れられてハクティル（解放）と呼ばれる星に向かう。
彼女らの指導者イシタが、ニーサという少女がもうすぐプラタ（思春期）を迎えるので、彼女を含めた多くの者のために新たな幼生が必要だと話す。さらに３０年前に彼女らが仕えていたモロクが戦争に女は邪魔なので生まれた子供のうち女を殺せと命じたこと、イシタは女神官長の地位を利用して女の子供を助けていたが、大所帯になってしまったので幼生が足りずに困っていることを明かす。
つまりイシタは新たな幼生を手に入れることに手を貸してほしいというのだ。だがカーターは幼生への依存を絶つためトレトニンの接種を提案する。幼生と縁を切ることに抵抗を感じるイシタを説得するためティルクは彼女とスパーリングを行う。その最中、圧倒されたイシタがティルクから幼生を感じないことに気付いて意を決し、ティルクに『誇り』を表す円環を投げ渡す。
イシタがトレトニン治療の志願者を募るとマーラと三人が志願する。イシタはニーサにも薦めるが、姉のニースはにべもなく拒否。彼女らが地球に旅立ってからイシタとティルクが語り合う。それぞれの妻と夫、子供のこと。叛乱のこと。二人は次第に惹かれあってゆく。ダニエルはニーサと二人で互いに『独り言』を言い合う。プリムタに対して不安がるニーサに、ダニエルは他の方法もあると言う。
一方地球ではトレトニン治療を受けた四人のうち三人に効果が現れてきた。マーラだけに他の倍も投与しているのに効果が現れなかった。幼生を戻すことを提案するカーターとフレイザー軍医に、マーラは反対する。自由のため、死ぬならこのまま死にたいと。
そのころニースがダニエルを「なぜニーサに話しかけた」と叱り付け、自分が指導者になるためジョマセクを宣言する。イシタはニースを負かすが、その時マーラが死んだとの報が入る。それによってイシタはニーサらのためにジャファを殺し、幼生を手に入れることを決断する。同時にティルクとダニエルは拘束された。
ニーサに呼ばれたダニエルとティルクは彼女と話す。彼女は「誰かを犠牲にしてまで生きたくない。トレトニンを試したい」と漏らす。それを聞いて二人はニースとイシタの元に急ぐ。彼女らは多くのジャファを倒していた。だが止めを刺して幼生を取り出そうとナイフを手にしたイシタに、そのジャファがつぶやく。彼は彼女らと同じく自由を欲していたのだ。そのとき、ほかのジャファによって背後からニースが撃たれてしまう。幼生も死に掛けるほどの重症だ。
ＳＧ基地に搬送されたニーサだったが、トレトニンの使用を拒否。イシタの説得にも耳を傾けない。だが先にトレトニンの接種を受けていたニーサの説得によって承諾し、回復する。
回復したニース、ニーサ、イシタがハクティルに帰るとき、ニースはニーサがダニエルのことを好いていると明かす。イシタとティルクはオニールの話を無視して熱いキスをして別れた。
１４３ 命の泉
ゴアウルドのラミウスとティルガスの会合の現場を見回るティルクとブレイタクはそこに両者のジャファたちとティルガスの死体を見つける。かろうじて息のあったラミウスの親衛隊長は二人に「ここにいては危ない、一人の戦士がいきなり…」と言って謎のエネルギーガンに撃たれて死んでしまう。謎の戦士が現れて二人に襲い掛かり、二人が迎撃しようとするもエネルギーガンは一切効かず、ザットガンを何発も撃ちこんでやっと倒すことに成功した。
ＳＧ基地でジェイコブと共に謎の戦士の死体を調べると、それはゴアウルドであり、宿主は作られたもので生命の維持を度外視して戦闘用のバケモノとして作られたことがわかる。さらにコンバットスーツがあらゆるエネルギーを吸収することがわかった。つまりこれを殺したのはティルクのザットガンではなくそれ以前から侵されていた肺疾患が元で死んだのだ。
調査を続けると、どうやら石棺の元になったエンシェントの治療装置を使ってアヌビスにより作り出されたものであるらしいことが分かる。ダニエルとセルマクが治療装置を発見したテルチャクの寺院がホンジュラス南部の滝の近くにあることを突き止め、そこにダニエルとリー博士が向かうことになる。
ＳＧ基地ではブレイタクがジャファや資源を吸収してバールを始めとする支配階級との闘いに備えているのだと言う。さらにオリジナルの治療装置を見つけても不死身の戦士に対抗できる武器を作れる保証はないとも。カーターはこれ以上の情報を得るには生きた戦士からの尋問以外にないという。これまでの調査により、謎の戦士のコンバットスーツにはエネルギー兵器や貫通兵器は一切効かないが、ケブラー繊維のような網状繊維で出来ているためティラニウムのダーツが有効だと提案する。再び襲われるであろうラミウスをエサに、不死身の戦士を捕らえようというのである。
叛乱組のジャファ、アダムらの手引きで不死身の戦士の捕獲作戦に向かったＳＧチームたちだが、謎の戦士にはなぜか捕獲用のエネルギーシールドもダーツも対人地雷もＣ４も効かず、包囲を突破されてしまう。反撃こそ受けなかったが、スターゲイトを確保しているＳＧ-３が敵対するジャファに襲われて支えきれず、しかたなくラミウスに降伏する。
一方、見事に地下に隠された寺院で治療装置を見つけるダニエルとリーだが、装置を引き上げたとたんに回り中から水が溢れ出してきた。装置を守るため、トラップが仕掛けてあったのだ。辛くもトラップから脱出した二人だが、寺院から這い出してすぐにゲリラに誘拐される。さらに連行される際に脱出を試みた現地ガイドのロヘリオ・デュランが撃たれてしまう。
ラミウスのジャファを説得しようとしていると、不死身の戦士の襲撃がありラミウスが殺された。それを知ったジャファがＳＧチームらを解放してくれた。カーターとティルクはラミウスの殺害を完了して逃走している不死身の戦士を輸送船の転送リングで捕獲する。それをＳＧ基地で尋問するが、主がアヌビスであること以外は喋ろうとしない。そこでトクラの記憶抽出装置を使うことにする。それによって不死身の戦士が生まれた星がタルタラスであることが判明する。
同じ頃、国務省筋からハモンド将軍のもとへダニエルとリー博士がゲリラに誘拐され、国境を越えてニカラグアへ行ったこと以外は分からないという情報が伝えられる。
１４４ 究極戦士
国務省にホンジュラスの反政府ゲリラからダニエルとリー博士の身代金要求があり、政府は公式には身代金を支払わないが、大統領は救出に同意しＣＩＡに総力を挙げての情報収集を命じた。将軍はホンジュラスのＣＩＡ工作員バークが二人の行方を知っていると言う。バークという名前を聞いたオニールは少しいやな顔をするが、現地に飛んだ。
バークと会ったオニールは昔のことで口論になり、別の現地ガイドを雇ってＧＰＳを使い救出に向かうが、治療装置が安置されていたチャクの神殿で行き詰ってしまう。そこにいきなりバークが現れ、昔のことはひとまずおいといて道案内を買って出る。その道中で二日前に撃たれたロヘリオ・デュランを見つける。
一方カーターたちは不死身の戦士から引き出した情報をもとにタルタラスに侵入する作戦を立てる。強力なセンサーを破るためにまずジェイコブが不死身の戦士のスーツを着てフォースフィールドで覆われたゲイトを抜け、センサーを破壊すると決まる。ゲイトを抜けるまではよかったが、そこでアヌビス配下のゴアウルドに帰還した戦士と間違われてメンテナンスに捕まってしまう。そこに現れたアヌビスがセンサーのプローブが故障しているから直せ、とそのゴアウルドに命じ、去ってゆく。ジェイコブはその隙にティルクとカーターを引き入れる。
基地内を探索していると数千匹の幼生を育てるための培養タンクと遺伝子の記憶を受け継ぐことができないほど年老いたゴアウルドの女王を見つける。ジェイコブらはカル戦士がせいぜい１０人ほどだろうと当たりをつけていたのだが、実際は既に大軍団を作り上げていたのだ。
基地を爆破し脱出を図るカーターらだが、一人のカル戦士に追いつかれてしまう。その力に圧倒されるティルクとカーターだが、ブレイタクが機転を利かせて転送リングを使いカル戦士を空に放り出す。倒れたティルクを気遣うブレイタクに、ティルクは「プライドをやられました。老体にしてやられました」と嘯いてみせる。
ダニエルとリーはゲリラに拷問を受け、治療装置のことをしつこく訊かれていた。ダニエルはなんとか耐えるが、リーが拷問に屈してしまう。ゲリラのリーダーのウォル・ラファエルが治療装置を作動させて使用し、どんどん凶暴化してゆく。ダニエルとリーはその混乱に乗じて脱出するが、間も無くゲリラに追いつかれてしまう。だが間一髪のところでオニールが彼らを薙ぎ払い、治療装置の力で復活したラファエルをバークがグレネードランチャーで吹き飛ばす。
無事に治療装置を回収したダニエルらと帰還したカーターらがゲイトルームで再会する。カーターの報告ではカル戦士の生産を遅らせることしかできなかったとのことだ。オニールはそんなカーターに「立派な指揮官だった」と声をかける。
１４５ グレース
Ｘ−３０３プロメテウスの帰還航行中にハイパードライブのピットストップのためハイパースペースから出ると、そこには謎の宇宙船がおり、攻撃を仕掛けてきた。プロメテウスは反撃しながら後退するが、謎の宇宙船に押される。カーターは亜光速エンジンに予備電力を接続し、ショートハイパードライブのための安全措置を講じるため制御室に向かうが、突然の衝撃により壁に頭を打ち付けて昏倒してしまう。
カーターが目を覚ますとプロメテウスはカーターが調査したがっていたガス雲の中に入っており、乗員は彼女以外誰もおらず、脱出用ポッドもすべて射出されていた。システムチェックの結果、ハイパードライブは無事だが亜光速エンジンはオフラインのままだった。状況から攻撃により脱出命令が下され、意識を失っていたカーターが取り残されたと推測する。ガス雲の影響か、亜光速エンジンは再起動せずハイパースペースウィンドウの形成もうまくいかない。さらにガスにより船殻が腐食してきている。
カーターがいろいろと試しているとプロメテウスに乗っていないはずのティルク、ダニエル、オニールが次々に現れて「眠るな」「ガス雲を調べろ」などの警告を発する。さらにグレースと名乗る謎の少女が現れてカーターを遊びに誘う。負傷により脳にかなりのダメージが生じているために発生した幻覚と決め付ける。だが少女はカーターの記憶にはいない。さらなるダニエルらとの会話によりガス雲が生命体である可能性に気付く。少女はガス雲の意識が具現化したものかもしれない。
オニールとジェイコブ（実際は彼らの姿を借りた自分）との会話により自分の想いを確認する。しかしそのときついにプロメテウスの内殻が破損してしまう。そこでシャボン玉遊びをするグレースをヒントに、ガスでうまく作動しないハイパードライブエミッターにに通電して部分的にハイパースペースにシフトし、ガスの影響を除いて亜光速エンジンを起動するという方法を思いつく。
うまく脱出できたところで一緒にガス雲に囚われていた謎の宇宙船に交信する。「脱出の手助けをするから乗組員を返して敵対行動をやめろ」と。数秒の後に乗員が全員戻ってきた。それを確認するとプロメテウスのハイパースペースの泡に入って謎の宇宙船も脱出に成功。そして宇宙船は約束通りに攻撃を加えることなく去っていった。
１４６ 堕ちゆく星
ケロナからジョナスがＳＧ基地に訪れる。ジョナスはタノスが残したクリスタルを調査した結果、ナクアドリアはナクアダ鉱脈の連鎖反応を人為的に促進させて人工的に作られたものだと判明した。しかもこれ以上転換が深くなると地熱と圧力が高まってケロナが吹き飛ぶと言う。
ケロナ、ティラニア、アンダリの代表がＳＧ基地を訪れて対策を練る。だがティラニアとアンダリの代表は滅ぶのはケロナだけだと多寡をくくっているので話が一向に進まない。実際は最初の爆発でケロナの大半が吹き飛び、そのときに舞い上がった塵によって星が冷えていくのだが。移住作戦にしても対立が激しく、三国がそれぞれ別の、しかも住人のいない惑星に移住したいと言う。オニールとティルクはその擦り付け合いに憤慨し、代表を罵倒して交渉のテーブルから降りると宣言する。
一方カーターとジョナス、キアナはナクアドリア転換プロセスの調査にかかる。それによると二年前のケロナのナクアドリア爆弾の実験が触媒となる素粒子を地中に浸透させ、転換プロセスを促進したと判明する。転換プロセスの阻止にはナクアダ鉱脈を横切る断層の中で核爆発を起こして断層をずらすことによって地中深くまでプロセスが及ぶことが有効だと判断する。地中に潜るにはケロナで２年半かけて建造した地中探査マシンとトクラのトンネルクリスタルを組み合わせて使うことが決定される。
無人の研究室でキアナは謎の注射を自らに射っていた。そしてカーターが掘削マシンの動力伝達部がゴアウルドの設計思想によるものだと気付く。キアナはバールに送り込まれたゴアウルドだったのだ。
キアナ抜きで掘削シミュレーションを行うが、どうしてもうまくいかない。ゴアウルドの技術によって効率はよくなったが、その分掘削対象に応じて頻繁に調整を行わなければならないからだ。キアナをメンバーに加えて掘削を開始する。だがそのときバールからキアナに連絡が入る。キアナは厚い岩盤の下で連絡が取れない。このままではバールが攻めてくるかもしれない。
掘削マシンの中でキアナはジョナスに「ジョナスに興味以上の感情を抱いている。心を通わせたのはキアナではなくわたし（ゴアウルド）」と告白するが、ジョナスはそれを振り払う。
そのときマグマの層に突き当たる。キアナはマグマがどれほどの厚さかわからないのを理由に引き返そうとするが、カーターは強行に進む。しかし断層まであと一キロというところで掘削マシンが破損、停止してしまう。そこでキアナがトンネルクリスタルで掘ったトンネルを降下し、核爆弾を設置すると申し出る。「カーターの自己犠牲の精神には感動したが、流されはしない」と断りを入れて。
ＳＧ基地では擦り付け合いを続ける三国代表にオニールが移住計画を白紙に戻すと宣告する。
熱と有毒ガスに侵されてぼろぼろになりながらもキアナは爆弾を設置する。だが掘削マシンのジェネレータが破損し、エネルギーが低下しはじめる。キアナは自分を置いてゆけと言うが、ジョナスは危険を冒しても待つと言い張る。キアナが戻ると同時に掘削マシンは上昇を開始し、エネルギー残量は残り少なかったがギリギリで地表に出ることができた。
キアナに寄生していたゴアウルドはキアナを助け、ジョナスとカーターに感謝して死んでしまった。ジョナスはそれに複雑な表情を浮かべてスターゲイトに向かう。
オニールの脅しが効いたのだろう、三国代表は少しばかり協力的になったようだ。
１４７ 夢とロマンス
ダニエルがサラ、つまりオシリスの夢を見た。夢の中で彼らはシカゴで古代エジプトの工芸品を研究しているのだが、眠っているダニエルの隣にはこめかみに何かの装置をつけたオシリスの姿があった。
カーターがカフェでコーヒーを飲んでいると、警官と名乗る男がナンパしてきた。キスをして、こらえきれなくなって笑いながらカーターが言う。「もうダメ、ピート」。彼女らはもともと知り合いだったのだ。
出動前にゴアウルドの通信や転送リングのリモコンの周波数を妨害する装置を開発したとダニエルに話すが、ダニエルは今朝の夢で寝不足のようだ。オニールと一緒にエレベータに乗ったカーターは無意識にハミングをし、オニールは「彼氏の名前は？」と訊く。
連日オシリスが寝室に現れ、サラと研究をする夢を見ているダニエルはだんだん不審を抱く。現実では破綻したサラとの関係がうまくいくし、彼女が執拗にエンシェント語の石版を解読させようとするのだ。
一方カーターはピートとともにダンスパーティで楽しいひとときに浸り、カーターの家で一夜をともにする。だがカーターが従事するスターゲイトプログラムの機密が二人の間に横たわり、ピートはＦＢＩのファリティ特別捜査官にカーターの調査を依頼する。
やがてダニエルの夢の中での解読が進むが、どうしても石版に記されたゲイトアドレスが翻訳できない。ティルクに主導権の感じられない夢とその中のサラの態度からオシリスがダニエルの潜在意識を探ってエンシェントの失われた都市の場所を知ろうとしているのだと推理する。侵入にはトールの脳から盗んだ転送ビームを使っているようだ。そこでゴアウルドの通信周波数をジャミングする装置を使って逃げられないようにし、オシリスを捕らえると決まる。
オシリスの捕獲作戦が開始される。眠っているダニエルの横にオシリスが現れ、自分とダニエルの脳を記憶抽出装置で結ぶ。だがその現場には、カーターのクリーンすぎるＩＤを不審に思ったピートも尾行して来ていた。
ダニエルがアドレスの解読ができないと言うと、オシリスはハンドリボンでダニエルを殺そうとする。そこにオニールが突入するが、ハンドリボンで倒されてしまう。続いてティルクも突入するが、反撃にあって近づけない。カーターがザットガンを持って待機中のバンから出ると、ピートが駆け寄ってきた。そこでビームが飛び交う戦闘に出くわして一言。「これは…！？」。動揺しているものの、銃を取り出してカーターの援護をする。しかしバリアに阻まれて二人の攻撃はまるで効果がない。オシリスはバンの燃料タンクを狙って爆破し、勝ち誇っていたが背後からオニールとティルクに麻酔ダーツを撃ち込まれて昏倒する。
ＳＧ基地ではトクラにオシリスを摘出してもらったサラとダニエルが再会を喜ぶ。その医務室ではオシリス戦で負傷したピートの手当てがなされ、カーターからスターゲイトプログラムについての情報が開示される。
１４８ 弔鐘
新アルファ基地でエンシェントの治療装置をもとにカル戦士を倒すための武器を作成するカーターとジェイコブ。だがそこへゴアウルドの船が接近し、ライリー大佐が退避命令を出したとの報が入る。それを聞いた二人が急いで武器の設計図をマトリックス・クリスタルにダウンロードしてコンピュータから消去している間にカル戦士に襲われてしまう。
それを知ったＳＧ基地は探査用プローブを送りゲイトが倒れていることを知るが、ＳＧ−１と３が生存者救出に向かう。基地は自爆しており、カル戦士のボディアーマーが発見された。オニールは数人の生存者とともに生き残っていたジェイコブからカル戦士を倒す武器を受け取るが、それはパワーユニットがなく数発しか撃てないという。探査を続けるが、なかなかカーターは見つからない。カーターはカル戦士に追われており、負傷した体を引きずって必死に逃げているのだ。
ＳＧ基地でジャファを尋問するが、トクラとの確執が浮き彫りになるだけだった。ジェイコブと話してみると、なんとセルマクがジェイコブと意識をミックスしたことから思考が人間よりになったと考えたトクラ評議会により、ジェイコブ／セルマクは情報面で切り離されていることが判明した。
カーターは撃墜された偵察機からミサイルを回収してカル戦士に撃ち込むが決定打にはならなかった。そこへオニールとティルクが駆けつけ、例の武器にエネルギーユニットを組み込んでカル戦士を倒す。
セルマクとジャファのリーダーであるデルクが話し合うと、デルクはセルマクの意見は正しいと了承するが、それがトクラの総意にならない限り早急な関係修復は不可能だと言う。トクラ・地球・ジャファの会合をしたところ、トクラに余裕がないこととジャファが目指すべき自由を知らないことから同盟決裂とまではいかなかったが、双方ともにベータ基地を去るという。しかしジェイコブはあきらめず、トクラに残って内部からの関係修復を図ることをカーターに明かす。