スターゲイトアトランティス

1　発見！アトランティス前編
　数百万年前。超高度な都市がそっくり飛び立った。現代、南極。氷の下のエンシェントの砦では調査が行われていた。そこでダニエルがアトランティスの場所を解明した。これまではそのゲイトアドレスは七つ（三次元座標を表すための六つと出発点を表す一つ）のシンボルだと思っていたが、実は八つのシンボルからなっており、別のペガサス銀河にあったのだ。
　オニールが砦を訪れ、オニールを運んだヘリパイのシェパード少佐が制御装置の椅子に座ると、なんとごく自然に砦が起動した。ウィアー博士はすぐに彼をアトランティス探検隊に勧誘した。
　座標がわかったことで探検隊を派遣することが決定し、そこにシェパードも加わった。メンバーはジョン・シェパード少佐、ウィアー博士、マッケイ博士、エイデン・フォード中尉。さらに12の国々から志願した多くの兵士たち。
　ZPMをゲイトに接続したが、どれくらいエネルギーを消費するのかわからないためゲイトを閉ざすことはできない。つまりプローブを送ることから探検隊の派遣まで、全てが一発勝負なのだ。シェブロン8がロックされ、マルプが送られた。探査結果は大気組成に問題なし、場所は広い部屋。条件は充分、続々と探検隊がアトランティスに向かってゆく。人員・物資がすべてペガサス銀河に送られ、ウィアー博士からの報告によってゲイトが閉鎖された。その直前、オニールからの激励のメッセージ付きの酒瓶が贈られた。
　アトランティス基地を探索していると、そこには多くの宇宙船や様々なハイテク装置があり、しかも都市自体が水深数百メートルの海底にあったのだ。
　ホログラムメッセージによればエンシェントは新たな生命を発生させながら宇宙のあちこちと友好の和を結んでいたが、あるとき凶悪な敵と出会い、その敵によって銀河の人類文明は次々と滅ぼされてついにはアトランティスが残るのみとなった。プラネタリーシールドは攻撃に耐えたが、自衛のため都市を海底に沈めてスターゲイトを通って地球に戻っていった。そして地球人と交じり合い、一つになったのだ。
　そのときマッケイがエネルギーが足りないことに気付く。このままでは全員死んでしまう。そこでスターゲイトを使ってペガサス銀河内の惑星を探索してZPMを得ることになった。
　探査チームが惑星アソスに向かうと、子供たちが遊んでいるのに遭遇する。その保護者のホーリングによってリーダーのテイラ・エマガンに紹介された。フォードの自己紹介で彼らと打ち解けることができた。
　夜が明けると村の近くにエンシェント文明の産物と思しき街があった。だが彼らが言うには、祖先が造った街に入るとレイスが出るから早く自分の星に帰れとのこと。しかしサムナー大佐は気にせず探索をしようとする。シェパードはテイラに連れられてレイスから逃れたシェルターに行った。そこには数千年以上昔からの壁画が描いてあり、それはレイスがアソスを破壊する内容だった。しかも予知して描いたのではなく、レイスがしばらく人間を繁殖させてから突然現れ、間引きして去ってゆくということが何度も繰り返されたからだ。それはテイラが訪れたどの星でも同じことだった。
　その夜、突然スターゲイトから謎の宇宙船が現れた。それこそがレイスだった。

2　発見！アトランティス後編
　レイスの襲撃にあい、アソスは混乱に陥った。レイスは人々に地上部隊の幻覚を見せ、アトランティス探検隊やテイラを攫うとすぐに引き上げていった。撃墜したレイスの宇宙船の残骸からは未だに動き続ける千切れた腕が這い出してきた。
　アトランティスは次々とフォースフィールドが停止し、中枢区画を残して水没した。アトランティスから避難しようとしたところ、シェパード少佐らがアソスからの避難民を引き連れて撤退してきた。すぐに安全な惑星に避難しようとするが、ダイヤルする前にアトランティスが浮上し、機能が回復する。
　しかしいいことだけではない。動力源のZPMはすべて使い果たし、ナクアダジェネレータではシールドを展開することはできない。しかもレイスが去ったアドレスから唯一繋がる座標はどこかの惑星の周回軌道上だった。シェパード少佐とフォード中尉らは宇宙船パドルジャンパーを使用して救出に向かう。
　回収された腕の分析では、その持ち主には成長抑制たんぱく質がない。つまり栄養がある限り生き続け、殺すことも難しいということだ。
　連れ去られた者たちの前にレイスが現れ、一人の兵士を連れ去った。その次はサムナー大佐だった。彼は案内された部屋でレイスの女と先に連れ去られた兵士の死体と対面する。レイスは人間を食料としているのだ。女は地球を新たな餌場とするため、サムナー大佐を拷問にかけて座標を聞き出そうとする。
　そこに駆けつけたシェパード少佐は女を攻撃するが、女はサムナー大佐を食って傷を癒す。無惨にも変わり果てたサムナー大佐を、シェパードは自らの手で射殺した。だが、背後から現れたレイスによって捕らえられてしまう。
　しかしフォード中尉の奇襲で難を逃れたシェパードは牢を爆破し、女を殺す。だがそれによって休眠状態にあった多数のレイスが目覚めてしまった。攻撃のなか辛うじてパドルジャンパーで宇宙に逃れるが、スターゲイトは既に厳重に警護されていて近づくこともままならない。
　そこでシェパードは一旦ステルスを解除してレイスを引きつけ、高速で戦闘しつつダイヤルをし、アトランティスに帰還した。
　サムナー大佐らの死で気落ちするシェパードだが、ウィアーは多くの人々を助けたことをねぎらってオニールが最後に送ってきたシャンパンを開け、テイラも感謝の気持ちを伝えた。
　さらにウィアーはいまや最上級士官となったシェパードにチームを編成し、今後も探検をしろと命じた。